Source code for smallworld_api.defaults

[docs]class Defaults: # Defaults -> Common -> Base -> Extras -> Searcher -> SmallWorld base_url = 'https://sw.docking.org' stream_response = True # database choice list is updated with ``df = SmallWorld.retrieve_databases()`` _db_updated = False db_choices = ['REAL-Database-22Q1.smi.anon', 'WuXi-20Q4.smi.anon', 'all-zinc.smi.anon', 'for-sale.smi.anon', 'wait-ok.smi.anon', 'MculeUltimate-20Q2.smi.anon', 'bb_forsale.smi.anon', 'mcule_full.smi.anon', 'mcule-v.smi.anon', 'old-in-stock.smi.anon', 'mcule.smi.anon', 'informer-set.smi.anon', 'mculebb.smi.anon', 'bb_instock.smi.anon', 'Enamine-BB-Stock-Mar2022.smi.anon', 'Enamine-SC-Stock-Mar2022.smi.anon', 'interesting.smi.anon'] # most of these are enabled by default sf_choices = ['Atom Alignment', 'SMARTS Alignment', 'ECFP4', 'Daylight'] # these are the keys that are valid according to the documentation for a submit request: valid_submit_keys = ['smi', 'db', 'dist', 'tdn', 'tup', 'rdn', 'rup', 'ldn', 'lup', 'scores'] default_submission = {'dist': 8, 'tdn': 6, 'rdn': 6, 'rup': 2, 'ldn': 2, 'lup': 2, 'maj': 6, 'min': 6, 'sub': 6, 'sdist': 12, 'tup': 6, 'scores': 'Atom Alignment,ECFP4,Daylight' } @property def speed_threshold(self): # user cannot change! # max 5 secs between each query return 5 # this is the required information (kind of) valid_export_columns = {'columns[0][data]': '0', 'columns[0][name]': 'alignment', 'columns[0][searchable]': 'true', 'columns[0][orderable]': 'false', 'columns[0][search][value]': '', 'columns[0][search][regex]': 'false', 'columns[1][data]': '1', 'columns[1][name]': 'dist', 'columns[1][searchable]': 'true', 'columns[1][orderable]': 'true', 'columns[1][search][value]': '0-12', 'columns[1][search][regex]': 'false', 'columns[2][data]': '2', 'columns[2][name]': 'ecfp4', 'columns[2][searchable]': 'true', 'columns[2][orderable]': 'true', 'columns[2][search][value]': '', 'columns[2][search][regex]': 'false', 'columns[3][data]': '3', 'columns[3][name]': 'daylight', 'columns[3][searchable]': 'true', 'columns[3][orderable]': 'true', 'columns[3][search][value]': '', 'columns[3][search][regex]': 'false', 'columns[4][data]': '4', 'columns[4][name]': 'topodist', 'columns[4][searchable]': 'true', 'columns[4][orderable]': 'true', 'columns[4][search][value]': '0-8', 'columns[4][search][regex]': 'false', 'columns[5][data]': '5', 'columns[5][name]': 'mces', 'columns[5][searchable]': 'true', 'columns[5][orderable]': 'true', 'columns[5][search][value]': '', 'columns[5][search][regex]': 'false', 'columns[6][data]': '6', 'columns[6][name]': 'tdn', 'columns[6][searchable]': 'true', 'columns[6][orderable]': 'true', 'columns[6][search][value]': '0-6', 'columns[6][search][regex]': 'false', 'columns[7][data]': '7', 'columns[7][name]': 'tup', 'columns[7][searchable]': 'true', 'columns[7][orderable]': 'true', 'columns[7][search][value]': '0-6', 'columns[7][search][regex]': 'false', 'columns[8][data]': '8', 'columns[8][name]': 'rdn', 'columns[8][searchable]': 'true', 'columns[8][orderable]': 'true', 'columns[8][search][value]': '0-6', 'columns[8][search][regex]': 'false', 'columns[9][data]': '9', 'columns[9][name]': 'rup', 'columns[9][searchable]': 'true', 'columns[9][orderable]': 'true', 'columns[9][search][value]': '0-2', 'columns[9][search][regex]': 'false', 'columns[10][data]': '10', 'columns[10][name]': 'ldn', 'columns[10][searchable]': 'true', 'columns[10][orderable]': 'true', 'columns[10][search][value]': '0-2', 'columns[10][search][regex]': 'false', 'columns[11][data]': '11', 'columns[11][name]': 'lup', 'columns[11][searchable]': 'true', 'columns[11][orderable]': 'true', 'columns[11][search][value]': '0-2', 'columns[11][search][regex]': 'false', 'columns[12][data]': '12', 'columns[12][name]': 'mut', 'columns[12][searchable]': 'true', 'columns[12][orderable]': 'true', 'columns[12][search][value]': '', 'columns[12][search][regex]': 'false', 'columns[13][data]': '13', 'columns[13][name]': 'maj', 'columns[13][searchable]': 'true', 'columns[13][orderable]': 'true', 'columns[13][search][value]': '0-6', 'columns[13][search][regex]': 'false', 'columns[14][data]': '14', 'columns[14][name]': 'min', 'columns[14][searchable]': 'true', 'columns[14][orderable]': 'true', 'columns[14][search][value]': '0-6', 'columns[14][search][regex]': 'false', 'columns[15][data]': '15', 'columns[15][name]': 'hyb', 'columns[15][searchable]': 'true', 'columns[15][orderable]': 'true', 'columns[15][search][value]': '0-6', 'columns[15][search][regex]': 'false', 'columns[16][data]': '16', 'columns[16][name]': 'sub', 'columns[16][searchable]': 'true', 'columns[16][orderable]': 'true', 'columns[16][search][value]': '0-6', 'columns[16][search][regex]': 'false', 'order[0][column]': '0', 'order[0][dir]': 'asc', 'search[value]': '', 'search[regex]': 'false'}